Eğitim İçeriği

I. Giriş ve Hazırlık İşlemleri

1. Genel Bakış

  • R'yi daha kullanıcı dostu hale getirme, R ve mevcut GUI'lar
  • Rstudio
  • İlgili yazılımlar ve belgeler
  • R ve istatistikler
  • R'yı etkileşimli olarak kullanma
  • Giriş oturumu
  • Fonksiyonlarla ve özelliklerle ilgili yardım alma
  • R komutları, büyük-küçük harf duyarlılığı vb.
  • Önceki komutların hatırlanması ve düzeltilmesi
  • Komutları bir dosyadan yürütme veya çıktıyı bir dosyaya yönlendirme
  • Veri kalıcılığı ve nesnelerin kaldırılması
  • İyi programlama uygulaması: kapsayıcı betikler, okunabilirlik gibi örneğin yapılandırılmış betikler, belgeleme, markdown
  • Paketleri yükleme; CRAN ve Bioconductor

2. Veri Okuma

  • Txt dosyaları (read.delim)
  • CSV dosyaları

3. Basit İşlemler; Sayılar, Vektörler + Diziler

  • Vektörler ve atama
  • Vektör aritmetiği
  • Düzenli dizilerin oluşturulması
  • Mantıksal vektörler
  • Eksik değerler
  • Karakter vektörleri
  • İndeks vektörleri; veri setinin alt kümelerini seçme ve değiştirme
    • Diziler
  • Dizi endekleme. Dizin parçaları
  • İndeks matrisleri
  • The array() fonksiyonu + diziler üzerinde basit işlemler örneğin çarpma, transpoz
  • Diğer nesne türleri

4. Liste ve Veri Karelerini Çizme (Data Frames)

  • Listeler
  • Listelerin oluşturulması ve değiştirilmesi
    • Listeleri birleştirme
  • Veri kareleri (Data Frames)
    • Veri Karelerinin Oluşturulması (Making Data Frames)
    • Veri Kareleri ile Çalışma (Working with Data Frames)
    • Tamponlara Başvurma (Attaching Arbitrary Lists)
    • Arama Yolunu Yönetme (Managing the Search Path)

5. Veri İşleme

  • Gözlem ve değişken seçimleri, alt kümelerin oluşturulması         
  • Süzgeçler, gruplandırma
  • Kodlamayı yeniden düzenleme, dönüşümler
  • Birleştirme, veri setlerini birleştirme
  • Bölünen matrisleri oluşturma, cbind() ve rbind()
  • Birleştirme işlevi, dizilerle (), dizi birleştirme
  • Karakter işlemleri, stringr paketi
  • Grep ve regexpr'ın kısa tanıtımı

6. Daha Fazla Veri Okuma                                            

  • XLS, XLSX dosyaları
  • readr ve readxl paketleri
  • SPSS, SAS, Stata,... ve diğer biçimlerdeki veri
  • Veriyi txt, csv ve diğer biçimlere aktarma

6. Gruplandırma, Döngüler ve Koşullu İführung

  • Gruplanmış ifadeler
  • Kontrol deyimleri
  • Koşullu yürütme: if deyimleri
  • Tekrarlı yürütme: for döngüleri, repeat ve while
  • apply, lapply, sapply, tapply'ın kısa tanıtımı

7. Fonksiyonlar

  • Fonksiyon oluşturma
  • Tercihen argümanlar ve varsayılan değerler
  • Kapsam ve sonuçları
  • Değişken sayıda argümanlar

8. R'deki Basit Grafikler

  • Bir Grafik Oluşturma
  • Dalık Grafları (Density Plots)
  • Nokta Grafları (Dot Plots)
  • Kutu Grafları (Bar Plots)
  • Çizgi Grafları (Line Charts)
  • Pasta Grafları (Pie Charts)
  • Kutu Grafikleri (Boxplots)
  • Nokta Dağılım Grafları (Scatter Plots)
  • Grafiği Birleştirme

II. R'deki İstatistiksel Analizler 

1.    Olasılık Dağılımları

  • R'yi istatistik tabloları olarak kullanma
  • Bir veri setinin dağılımını inceleme

2.   Hipotez Testleri

  • Bir Popülasyon Ortalaması Hakkında Testler
  • Olasılık Oranı Testi (Likelihood Ratio Test)
  • Tek ve iki örneklemlik testler
  • Karekseni Uyumsuzluğu Testi (Chi-Square Goodness-of-Fit Test)
  • Kolmogorov-Smirnov Tek Örnek İstatistiği (Kolmogorov-Smirnov One-Sample Statistic)
  • Wilcoxon İşaret Rütbe Testi (Wilcoxon Signed-Rank Test)
  • İki Örnek Testi
  • Wilcoxon Sıralama Toplam Testi (Wilcoxon Rank Sum Test)
  • Mann-Whitney Testi
  • Kolmogorov-Smirnov Testi

3. Hipotezlerin Çoklu Testi

  • Tür I Hata ve FDR (False Discovery Rate)
  • ROC eğrileri ve AUC (Area Under the Curve)
  • Hipotezlerin Çoklu Testleri Prosedürü (BH, Bonferroni vb.)

4. Doğrusal Regresyon Modelleri

  • Modellere bilgi çekmek için genel fonksiyonlar
  • Eşleşmiş modelleri güncellemek
  • Genelleştirilmiş doğrusal modeller (Generalized Linear Models)
    • Aileler (Families)
    • The glm() fonksiyonu
  • Sınıflandırma
    • Lojistik Regresyon
    • Doğrusal Ayırma Analizi (Linear Discriminant Analysis)
  • Üstesansız Öğrenme
    • Birincil Bileşenler Analizi (Principal Components Analysis)
    • Klütterleme Yöntemleri (k-means,ierarchical clustering, k-medoids)

5.  Uygunluk Analizi (survival paketi)

  • R'deki Uygunluk Nesneleri (Survival objects in r)
  • Kaplan-Meier tahmin, log-rank testi, parametrik regresyon
  • Güven aralıkları
  • Eksik (aralıkla kaydedilen) veri analizi
  • Cox PH modelleri, sabit kovaryantlar
  • Cox PH modelleri, zaman bağımlı kovaryantlar
  • Simgesel (Model Karşılaştırma)

 6.   Varyans Analizi

  • Bir Yönlü ANOVA (One-Way ANOVA)
  • İki Yönü Klasifikasyon ANOVA (Two-Way Classification of ANOVA)
  • MANOVA

III. Bioinformatikte Çözümlenmiş Problemler           

  • Limma paketinin kısa tanıtımı
  • Mikrodizil veri analizi iş akışı (Microarray data analysis workflow)
  • GEO'dan veri indirme: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
  • Veri işleme (QC, normalizasyon, farklılık ifadesi)
  • Vulcano grafiği            
  • Klütterleme örnekleri + ısı haritaları
 28 Saat

Katılımcı Sayısı


Kişi Başına Fiyat

Danışanlarımızın Yorumları (5)

Yaklaşan Etkinlikler

İlgili Kategoriler