Microbiyal Genomik ve Metajenomik Giriş Eğitimi

Mikrobiyal Genomik ve Metagenomin Giriş

• Mikrobiyal genomik ve metagenomin genel bakışı
• Sequencing teknolojileri ve tipik çalışma tasarımları (sequencing teknolojileri ve tipik çalışma desenleri)
• Anahtar dosya formatları ve veri organizasyonu

Kalite Kontrolü ve Ön İşleme

• Ok kalitesi değerlendirmesi ve kesim (read quality assessment and trimming)
• Ev sahibi kaldırılması ve kirlilik taraması (host removal and contamination screening)
• Ok normalizasyonu ve ilerideki dikkat edilmesi gereken noktalar (read normalization and downstream considerations)

Taksonomik Profil Oluşturma Yöntemleri

• MetaPhlAn ile işaretçiye dayalı profil oluşturma (marker-based profiling with MetaPhlAn)
• Kraken2 ve Bracken ile k-mer ve sınıflandırma yöntemleri (K-mer and classification methods with Kraken2 and Bracken)
• Profil çıktılarını karşılaştırma ve görselleştirme (comparing profiling outputs and visualization)

Metagenom Derleme ve Kısıtlama (genel bakış)

• Derleme stratejileri ve SPAdes kullanımı (assembly strategies and SPAdes usage)
• Kısıtlama kavramları ve yaygın araçlar (kısa) (contig binning concepts and common tools (brief))
• Derleme kalitesini ve tamamlanmışlığını değerlendirme (assessing assembly quality and completeness)

Genom Annotasyonu ve MLST

• Prokka ile genomlere annotasyon (annotating genomes with Prokka)
• MLST gerçekleştirme ve dizilim tiplerini yorumlama (performing MLST and interpreting sequence types)
• Sonuçları paylaşmak için rapor oluşturma (generating reports for sharing results)

SNP Çağırma ve Filitrezi

• Snippy ile eşleme tabanlı SNP çağırma iş akışları (mapping-based SNP calling workflows with Snippy)
• IQ-TREE ile filitrik ağaçlar oluşturma (building phylogenetic trees with IQ-TREE)
• iTOL ile ağaç görselleştirme ve yorumlama (tree visualization and interpretation with iTOL)

Anti-Mikrobiyal Direnç ve Fonksiyonel Profil Oluşturma

• AMRFinderPlus, CARD ve ResFinder ile AMR gen tespiti (AMR gene detection with AMRFinderPlus, CARD, and ResFinder)
• Fonksiyonel profil oluşturma ve yol özeti (functional profiling and pathway summaries)
• Direnç ve fonksiyonel annotasyonları raporlama (reporting resistance and functional annotations)

Tekrarlanabilir İş Akışları ve En İyi Uygulamalar

• Conda, Docker ve şablonlu iş akışları kullanarak tekrarlanabilirlik (using Conda, Docker, and pipeline templates for reproducibility)
• Veri yönetimi, meta veri standartları ve FAIR ilkeleri (data management, metadata standards, and FAIR principles)
• Bulut kaynaklarıyla analizleri ölçeklendirme ve defterler (scaling analyses with cloud resources and notebooks)

Case Studies ve Uygulama Laboratuvarları

• Ham oklardan taksonomik tabloya 16S/18S amplifikon analizi (16S/18S amplicon analysis from raw reads to taxonomic table)
• Örnekler arasında karşılaştırmalı analizle metagenomik profil oluşturma (metagenomic profiling and comparative analysis across samples)
• Genom derleme, annotasyon, SNP filitresi ve AMR raporlaması (genome assembly, annotation, SNP phylogeny, and AMR reporting)

Özet ve Sonraki Adımlar